深圳市龙岗区耳鼻咽喉医院是独立设置的三级公立专科医院，设有耳鼻咽喉科、口腔科、眼科三大临床专科,均按专科医院设置亚专科，其中耳鼻咽喉科下设耳科、鼻科、变态反应科等9个二级学科(学组)，口腔科下设修复、正畸、种植等10个二级学科(学组)，眼科下设视光学科、白内障学科、眼科综合等3个二级学科(学组)。医院先后成立深圳市耳鼻咽喉研究所、龙岗区口腔医学研究所，创建深圳市医学重点学科、广东省临床重点专科、深圳市耳鼻咽喉疾病重点实验室，获批国家自然科学基金A类依托单位和省、市博士后创新实践基地，与中国科学院深圳先进技术研究院、中山大学孙逸仙纪念医院、香港中文大学(深圳)等签署联合招收博士后框架协议。承担国家、省、市等科研课题170余项，其中国家自然科学基金项目24项、广东省自然科学基金项目8项2023年与国家耳鼻咽喉疾病临床医学研究中心正式签署合作协议共建“国家耳鼻咽喉疾病临床医学研究中心听觉与平衡觉诊疗示范基地”，2024年与香港中文大学(深圳)正式签订合作框架协议共建“香港中文大学(深圳)耳鼻咽喉头颈外科医院及研究院”，着力打造大湾区国际知名的研究型专科医院，“高校+医院+研究院所”医教研产相结合的创新医疗中心。